Der Zweite Weltkrieg kam in das Leben jeder Familie, denn die Männer zogen an die Front. Der anfängliche Optimismus der Deutschen, der unter anderem durch die „friedliche Form der Befreiung“ hervorgerufen worden war, schwand jedoch, als Deutschland in den Krieg mit Polen eintrat. Ab dem 25. September 1939 wurde das Rationierungssystem für alle landwirtschaftlichen Erzeugnisse, das die Ernährung und den Grundbedarf der Bevölkerung sicherstellen sollte ,eingeführt.
Neue Einwohner, Wolhyniendeutsche und später Deutsche aus Bessarabien und der Ukraine kamen ebenfalls nach Saaz. Da die Verlängerung des Krieges die Anzahl der deutschen Arbeitskräfte stark verringert hatte, wurden auch ausländische Arbeitskräfte nach Saaz versetzt. Es wurden Zwangsarbeiter aus Polen, der Sowjetunion, dem Protektorat, Frankreich und Belgien beschäftigt. 1945 kamen noch kriegsgefangene Franzosen und Russen dazu.
Auch das Geschehen im Protektorat im Zweiten Weltkrieg nach der Ankunft Reinhard Heydrichs im September 1941 wurde in Saaz aufmerksam verfolgt. Der nunmehrige sogenannte stellvertretende Reichsprotektor Reinhard Heydrich, gleichzeitig Führer des Reichssicherheitshauptamtes in Berlin, griff, zusammen mit dem Karlsbader Buchhändler Karl Hermann Frank der Staatssekretär im Protektorat war, brutal durch,und es erfolgten sofort Verhaftungen, Exekutionen von tschechischen Widerständlern, und Terror gegen die tschechische Bevölkerung wurde seitdem andauernd ausgeübt.
1942 fiel Reinhard Heydrich einem Attentat zum Opfer, das tschechische Fallschirmspringer im Auftrag der Exilregierung verübt hatten. Danach folgte die so genannte „Heydrichiade“. Als Vergeltungsmaßnahme war eine Welle grausamsten Terrors mit Verhaftungen. Lidice, wo die männliche Einwohnerschaft getötet wurde, die Frauen in Konzentrationslager gebracht wurden und die meisten Kinder später ebenfalls getötet wurden. Dies ist in der Tat ein Fanal für die Beziehungen von Deutschen und Tschechen gewesen. Nach all diesen Geschehnissen ahnten bereits viele Saazer, was ihnen passieren könnte, wenn der Krieg verloren ginge.
Im Winter 1944/45 glaubten selbst die treuesten Anhänger der Nazis nicht mehr an den Sieg. Saaz nahm Flüchtlinge und evakuierte deutsche Zivilisten auf, die von der Front geflohen waren. Schulen wurden geschlossen und in Wohnheime umgewandelt. Ende April 1945 strömten Flüchtlingskolonnen durch Saaz, nun eine Stadt mit 40.000 Einwohnern, die in überfüllten Krankenhäusern und Schulen auf das Ende des Krieges warteten. Auch der berüchtigte „Todesengel“ aus Auschwitz-Birkenau, Josef Mengele, schließt sich in Saaz in Wehrmachtsuniform dem Wehrmachtslazarett an. Schließlich floh das deutsche Militär Richtung Karlsbad nach Westen.
In den Morgenstunden des 9. Mai 1945 besetzte dann die Rote Armee die Stadt. Am 2. Juni übergaben die sowjetischen Besatzungstruppen Saaz an die Tschechen.
Saaz und der Zweite Weltkrieg ein Videoausschnitt aus dem Film Saazerland